Dalam mendukung pelaksanaan penelitian dan pengembangan, Badan Litbang Kesehatan memiliki berbagai macam laboratorium, untuk pemeriksaan virus, bakteri, farmasi, gizi dan sebagainya. Laboratorium tersebut juga sering digunakan untuk investigasi Kejadian Luar Biasa (KLB).
Beberapa Laboratorium tersebut antara lain :
